Колишнє містечко, волосний центр, а ще раніше, в період визвольної війни українського народу 1648–1658 рр. і після — був сотенним містом. У люстрації за 1545 рік записане як містечко, що належало шляхтичу Немиричу. Воно мало 11 димів, звичайно це були курні хати.
Як видно з матеріалів видатного краєзнавця Л. І. Похилевич, сама назва «Черняхів» свідчить про те, що тут ховалась чернь, найнижчий стан людей домонгольського періоду. І коли з’явились в цих краях монголи, то чернь і знайшла свою схованку в тих місцях.
Як говорять народні перекази і легенди, на території сучасного Черняхова росли дрімучі ліси, які межували з непрохідними болотами. Це і сприяло тому, що сюди тікали бідні люди і тут переховувались. Пізніше це місто назвали — Черніхов. Через деякий час тут з’явилось поселення з такою назвою, яке і попало в польські люстрації. Але в судових справах того періоду (1584 р.) згадується ще старий Черняхов. Де було це поселення — досі нез’ясовно. Черняхів став помісним містечком великих землевласників Немиричів. Жителі Черняхова в XVI—XVII ст. зазнавали систематичних нападів різних князів і бандитських груп, наскоків татар.
У перші дні Другої Світової війни 400 черняхівців після оголошення мобілізації відправились на фронт. 13 липня 1941 року підрозділи Вермахту вступили в Черняхів. Почалася окупація, під час якої німці вбили сотні ні в чому не винних людей, 500 громадян вивезли на каторжні роботи в Німеччину. У вересні в Черняхові виникла підпільна організація, очолив її лікар Мирон Верещак. Його дочка Софія стала зв’язковою підпільного комітету, очолюваного в Житомирі О. Д. Бородієм. За це вона була арештована житомирським гестапо, сиділа в житомирській тюрмі, зносила нечувані муки, але волею долі вона залишилася жити. 36 черняхівців воювали в партизанських загонах, з них Паламарчук Григор, Іщенко Микола, Іваницька Устина, її дочка Іваницька Марина та багато інших.
12 листопада 1943 року війська Першого Українського фронту взяли Черняхів. Кілька разів Черняхів залишали радянські війська, а 29 грудня 1943 року Черняхів було відвойовано остаточно. Всього у Другій Світовій війні брало участь 797 жителів Черняхова, з них загинуло 333 чол. В селищі споруджено два обеліски на честь воїнів-визволителів.
Почалася відбудова народного господарства. У післявоєнний період Черняхів було відбудовано і побудовано молокозавод, будинок побуткомбінату, хлібозавод, поліклініку, лікарню на 260 ліжок, приміщення райвиконкому, райкому партії, комбінат хлібопродуктів, школу на 1200 місць, ветлікарню, редакцію районної газети «Нове життя», ПМК-161, райсільгосптехніку, більше 12 магазинів, літній кінотеатр, бібліотеку, приміщення райспоживспілки.
У вересні 2013 року з невідомих причин місцевою владою були ініційовані відзначення 470-річчя «заснування» Черняхова (при офіційній даті першої згадки 1545 (!) року). Існування ж «згадки» 1543 року залишається загадкою (у вікі-статті вона відсутня), а офіційних роз’яснень з цього питання не було оприлюднено.
